Module camera trên E3 gồm một cảm biến 12MP Sony IMX362 (1/2.55', 1.4µm) với ống kính f/1.9 có trang bị lấy nét tự động Dual-Pixel và một cảm biến telephoto 20MP Sony IMX350 (1/2.8', 1.0µm) với ống kính f.2/6 có lấy nết tự động theo pha. Hệ thống camera kép này có khả năng chụp ảnh ở chế độ chân dung với hiệu ứng làm mờ hậu cảnh đồng thời còn cho phép zoom không làm hỏng chi tiết với độ phóng đại 2,5 lần. Meizu cũng rất 'chịu chơi' khi sử dụng chất liệu sapphire cho lớp kính bảo vệ cụm camera này. Camera trước của máy có độ phân giải 8MP.
Meizu E3 sử dụng khung vỏ bằng kim loại nguyên khối với cảm biến vân tay được bố trí ở cạnh phải tương tự như một vài model của Sony. Meizu cho biết cảm biến vân tay này là loại một chạm và cho phép bạn mở khóa điện thoại cực nhanh với tốc độ nhận diện vân tay chỉ 0,2 giây. Pin của thiết bị có dung lượng khá lớn 3.300mAh và có hỗ trợ công nghệ sạc nhanh với adapter và cáp 20W chuyên biệt. Công nghệ sạc nhanh này được quảng cáo là 'rất mát' và có thể tương đồng với công nghệ sạc nhanh 5V/4A VOOC/Dash Charge.
Có một điểm hơi 'đáng tiếc' là Meizu E3 vẫn chỉ được cài sẵn Android 7.1.2 với giao diện tùy biến Flyme OS 7 khi được bán ra.
Bên cạnh màu xanh, E3 còn có hai màu khác là Vàng và Đen