Theo các báo cáo ban đầu về việc WhatsApp bị gỡ bỏ, nguyên nhân là do các yếu tố tương thích với bản xem trước nhà phát triển Windows Phone 8.1. Tuy nhiên lý do thực sự là vấn đề với Windows Phone 8 và bản cập nhật GDR3 hiện tại.
Ngoài ra, kể từ khi phần mềm nhắn tin không còn ở Windows Phone Store, đội kỹ thuật tại WhatsApp đã làm việc rất chăm chỉ để giải quyết vấn đề và cuối cùng đã tung ra phiên bản 2.11.490. Phiên bản này không có các tính năng mới nhưng WhatsApp vẫn giữ được thiết kế đơn giản.