Thay vì để cho Flappy Bird phát triển và thu về hàng triệu đô la nhanh chóng, Nguyễn Đông đã cảm thấy rằng trò chơi đã quá gây nghiện và gỡ nó từ tất cả các cửa hàng ứng dụng. Nhưng nhiều nhà phát triển bên thứ ba đã nhanh chóng viết nhân vật và chế độ chơi để đáp ứng nhu cầu của nhiều người chơi vẫn còn thích Flappy Bird. Vấn đề là theo McAfee 80% trong số những bản sao này có chứa phần mềm độc hại. Và do bản chất mã nguồn mở của Android nên hầu hết các sản sao bị nhiễm được tìm thấy trên các ứng dụng làm cho điện thoại Android.
Một trong những hậu quả phổ biến nhất gây ra bởi các phần mềm độc hại là các cuộc gọi điện thoại được thực hiện mà cần cho phép. Brian Kenyon- giám đốc chiến lược kỹ thuật của McAfee, cho biết các cuộc gọi đi đến các số mà phải trả thêm rất nhiều tiền. Các văn bản cũng được gửi đến các địa chỉ tin nhắn SMS mà sẽ thu tiền. Ngoài ra, phần mềm độc hại còn tiết lộ vị trí của người dùng.