Mẫu Yamaha MT-03 được phát triển dựa trên mẫu YZF-R3, trang bị khối động cơ tương tự như phiên bản sportbike nhưng xe lại có kiểu dáng xe mang đậm chất naked bike.
Tại phiên bản lần này, Yamaha MT-03 chỉ bổ sung thêm 3 lựa chọn màu sơn bên ngoài, xe vẫn giữ nguyên các thiết kế và động cơ của các phiên bản trước. Mẫu MT-03 được trang bị hệ thống đèn chiếu sáng và xinhan bóng Halogen H4 nhưng có thêm 2 dải LED định vị trên đèn chính và cụm đèn hậu to được thiết kế đôi 2 tầng.
Yamaha MT-03 sử dụng động cơ xy-lanh đôi, làm mát bằng dung dịch, dung tích 321 cc sản sinh công suất tối đa 41.4 mã lực tại vòng tua 10.750 vòng/phút, Mômen cực đại đạt 29,6 Nm tại 9.000 vòng/phút, và kết hợp với hộp số 6 cấp. Động cơ đáp ứng tiêu chuẩn khí thải Euro 4 này tạo ra công suất tối đa 42 mã lực và mô-men xoắn cực đại 29,6 Nm.
Hiện Yamaha MT-03 và YZF-R3 đều đang được phân phối chính hãng tại thị trường Việt Nam với giá bán 139 triệu Đồng.