Minecraft Story Mode có cốt chuyện tùy biến theo kết quả quyết định bởi sự lựa chọn các nhánh của người chơi. Cốt chuyện chính vẫn xoay quanh Jesse Pinkman– anh hùng với cây kiếm cùng nhiệm vụ tìm kiếm và khai phá thế giới của Minecraft. Trang phục hay tính cách đặc trưng của nhân vật này cũng được tùy chọn ứng theo lựa chọn của game thủ. Bên cạnh Jesse còn có chú lợn Reuben đồng hành với mô tả ngoại hình đáng yêu và là người bạn đáng tin cậy.
Minecraft: Story Mode Episode 1 sẽ khiến game thủ gợi nhớ tới The Walking Dead của Telltale bởi những điểm “từa tựa” nhau giữa 2 tựa game. Tuy nhiên, cuộc phiêu lưu mà game thủ trải nghiệm trong thế giới Minecraft: Story Mode sẽ mang lại cảm giác tươi vui, hài hước kết hợp với những yếu tố nhân văn về tình bạn. Game thủ sẽ phải đưa ra quyết định khó khăn khi lựa chọn có nên giữ lại những thành viên trong nhóm, hay đối mặt nguy hiểm khi đối phó với zombie,…
Bên cạnh đó, nhà phát triển cũng tiết lộ game cũng sẽ không thiếu đi yếu tố phiêu lưu, kì bí và cảm giác lý thú dành cho người chơi. Dù chỉ 'nhá hàng free' phần đầu tiên của Minecraft: Story Mode nhưng hi vọng nhiêu đó đủ sức hấp dẫn và khiến game thủ phải tò mò muốn trải nghiệm và phiêu lưu hơn.