Cấu trúc file
Cây hệ thống file trên Linux dạng thế này Cấu trúc cơ sở của Linux khác hoàn toàn so với Windows. Nó được phát triển trên một mã gốc riêng với các nhà phát triển riêng rẽ. Bạn sẽ không tìm thấy thư mục My Documents trên Ubuntu hay Program Files trên Fedora. Cũng không có các ổ đĩa C: hay D: xuất hiện. Thay vào đó, có một cây dữ liệu và các ổ đĩa được bung vào cây đó. Tương tự, thư mục home và desktop đều là một phần trong cây dữ liệu. Về mặt kỹ thuật, bạn sẽ cần tìm hiểu một hệ thống và kiến trúc file mới hoàn toàn. Thực tế thì việc này không quá khó nhưng sự khác biệt vẫn là rõ rệt.
Không có Registry
Registry trong Windows là một cơ sở dữ liệu chủ cho toàn bộ các thiết lập nằm trên máy tính. Nó nắm giữ thông tin ứng dụng, mật khẩu người dùng, thông tin thiết bị… Linux không có registry. Các ứng dụng trên Linux lưu thiết lập của mình trên cơ sở chương trình dưới sự phân cấp người dùng. Với ý nghĩa này, những cấu hình của Linux ở dạng mô đun. Người dùng sẽ không tìm thấy một cơ sở dữ liệu tập trung nào cần dọn dẹp định kỳ tại đây.Trình quản lý gói
Trên Windows người dùng sẽ phải sử dụng các gói cài đặt. Đây là những file *.exe của chương trình muốn cài, được tải về thông qua các website. Và khi cần gỡ, ta sẽ phải vào Control Panel. Nhưng với hầu hết các hệ thống Linux, bạn sẽ không phải cài đặt chương trình theo cách này nữa. Thay vào đó, hệ thống có một chương trình quản lý gói (package manager) giống như một trung tâm duyệt web, cài đặt hay gỡ bỏ gói chương trình. Thay vì truy cập website Firefox để tải Firefox, bạn có thể chỉ cần tra trong các kho lưu dữ liệu của trình quản lý gói và tải về trực tiếp ứng dụng từ đây. Đây là một trong những ưu điểm của Linux so với Windows.Giao diện thay đổi được
Giao diện của Windows không có quá nhiều đổi khác trong một thời gian dài. Với Windows Vista, đó là Aero. Trước đó, XP đã tạo một số thay đổi nhỏ so với Windows Classic. Nhưng Start Menu, Taskbar, System Tray, Windows Explorer, tất cả về cơ bản vẫn giống nhau. Phải cho đến Windows 8.1, Windows 10 mới thấy có sự khác biệt rõ rệt, nhưng nó vẫn không thể 'thoát xác' hoàn toàn. Với Linux, giao diện hoàn toàn tách rời với hệ thống lõi. Bạn có thể đổi môi trường giao diện mà không cần lo lắng xem có phải cài lại chương trình hay không. Có nhiều giao diện như GNOME, KDE hay gần đây hơn là Unity cùng nhiều giao diện ít biết đến khác tập trung vào các khía cạnh khác nhau cho bạn lựa chọn.Lệnh đầu cuối
Linux có được tiếng là hệ điều hành dành cho các tín đồ máy tính và điều này đạt được chủ yếu là nhờ vào sự phổ biến của giao diện dòng lệnh (terminal). Đây là một hộp đen với chữ xanh truyền thống để ta có thể sử dụng các lệnh thực thi. Nói cách khác, nó giống như Command Prompt của Windows. Nếu muốn chuyển sang dùng Linux thì bạn phải học các cấu trúc lệnh vì sẽ phải sử dụng chúng thường xuyên. Giao diện đồ họa dễ sử dụng nhưng chắc chắn không mạnh mẽ và hiệu quả bằng giao diện dòng lệnh.Tài khoản và quyền user
Linux có 3 loại user: Regular, Administrator (Root), Service. Trong đó:Ghi chú: Bạn sẽ không thấy các tài khoản Servicec trên phiên bản Ubuntu Desktop. Trong khi đó, Windows có 4 loại tài khoản người dùng là: Administrator, Standard, Child và Guest.