Trong những video cũng như hình ảnh rò rỉ thì phiên bản Galaxy Note 9 màu xan được rỏ rỉ nhiều nhất với điểm nhấn là chiếc bút màu vàng. Tuy nhiên những phiên bản khác thì màu cây bút vẫn có màu sắc giống với thân máy.
Cụ thể Galaxy Note 9 gồm có màu Metallic copper (màu đồng), Lavender purple (tím lavender), Ocean blue (xanh biển sâu), Midnight black (đen). Duy chỉ có phiên bản màu xanh (Ocean blue) là có chiếc bút S Pen màu sắc khác với thân máy.
Cụ thể cây bút của phiên bản màu xanh có thân máy màu vàng. Tuy vậy đuôi bút vẫn là màu xanh trùng thân máy. Khi S Pen vẫn trong bên Note 9 thì không có gì khác biệt, chỉ khi rút ra sử dụng thì màu vàng của cây bút với thực sự nổi bật. Các phiên bản khác có màu sắc cây bút đồng nhất chứ không nổi bật.
Bút S Pen trên Galaxy Note 9 có thêm tính năng Bluetooth giúp chụp ảnh từ xa, làm remote khi trình chiếu cực kỳ ấn tượng.
