À vâng, cái kết. Chuyện gì xảy ra với Neo? Làm sao anh có thể đánh bại Smith? Liệu anh có thực sự là người đánh bại Smith? Biết bao người xem bước khỏi rạp chiếu với sự mơ hồ về cái kết của Revolutions, vậy nên chúng ta sẽ soi một chút ánh sáng vào những gì đã xảy ra.
Đầu tiên, hãy nhìn vào bối cảnh. Smith đang nhân bản với tốc độ chóng mặt, chiếm hữu tất cả mọi người mà hắn gặp. Khi nhân sức mạnh lên nhiều lần, hắn trở thành một mối đe dọa với Ma Trận, với nhân loại, hơn tất cả mọi thứ trong lịch sử. Trong khi máy móc chắc chắn không đứng về phía con người, chúng sẵn sàng để con người tiếp tục tồn tại. Sự tồn tại ấy diễn ra dưới vai trò của những viên pin cung cấp năng lượng. Dù sao với việc máy móc nắm toàn quyền điều khiển, Zion sẽ bị hủy diệt và tái sinh theo mỗi chu trình, cho con người tiếp tục sống cho đến khi chúng giải được biến số là Neo. Smith, mặt khác, muốn xóa sổ mọi thứ. Hắn hận Ma Trận, hắn hận con người, hắn hận Neo.. Hắn hận chính sự tồn tại của hắn, và hắn sẽ không dừng lại cho đến khi mọi thứ bị hủy diệt.


Trong khi Smith có thêm quyền lực trong tay, hắn bắt đầu điều khiển những khía cạnh của Ma Trận, theo cả cách gián tiếp và trực tiếp. Hãy nhớ lời chào của hắn với Neo trước khi trận chiến cuối cùng diễn ra: 'Thích điều ta làm với nơi này không?' Hắn muốn nói đến bầu trời đen, những cơn mưa như trút và sấm sét gào thét trên đầu. Ma Trận đang sụp đổ và Smith là nguyên nhân cho điều đó. Nếu không ai có thể cản hắn, toàn bộ hệ thống sẽ ngừng hoạt động, giết chết bất cứ ai kết nối với Ma Trận và khiến máy móc rơi vào thế yếu vì không còn nguồn cung cấp năng lượng trong tay.
Trong khi Smith vốn chỉ là một vấn đề nhỏ trong quá khứ thì nay Neo đã nhận ra (với sự giúp đỡ của The Oracle) rằng Smith mới là kẻ thù thực sự. Smith trở thành vấn đề chung của con người và máy móc. Hắn có thể xóa sổ hoàn toàn cả hai giống loài và máy móc không thể làm gì được hắn. Thế nên sứ mệnh đặt vào tay Neo.

Khi The Oracle cho Neo động lực cần thiết, bà biết rằng công việc của mình sắp sửa được hoàn thiện (quả thực, bà trở thành một bậc thầy điều khiển tất cả mọi thứ).. Bà để Seraph và Sati bỏ đi trong khi chờ đợi bước tiếp theo của kế hoạch, đó là sự hiện diện của Smith. Smith chiếm lấy The Oracle, có trong tay khả năng tiên tri. Tiếng cười điên dại của Smith chính là bằng chứng chỉ ra việc hắn đã thấy tất cả: cái kết cho sự đau đớn của hắn khi hắn bước trên thân xác Neo và kết liễu anh.
Cùng lúc, với khả năng nhìn thấu của mình, Neo phải tới thành phố máy nhằm trưng ra quân bài cuối cùng: Smith. Máy móc không thể cản hắn, bằng chứng chính là việc Ma Trận đang sụp đổ nhưng Neo tin rằng mình có thể đánh bại hắn. Anh gặp Deus Ex Machina, bộ não của giồng loài máy móc và lật quân bài tẩy cuối cùng. Thỏa thuận là anh sẽ chặn đứng Smith, ngăn cho hệ thống không bị sập và máy móc sẽ rút đội quân Sentinel khỏi thành phố Zion.

Ban đầu Deus Ex Machina phản ứng đầy ngạo mạn do kết quả của hàng trăm năm thống trị, nhưng hãy nghĩ kỹ: đây là một cỗ máy. Chúng có thể tính toán xác suất trong một phần mười giây và chúng biết những con số ấy không đứng về phía mình. Mặt khác nếu Ma Trận sập, chúng sẽ mất tất cả những con người đang có trong tay. Đồng thời Sentinel sẽ tự động hủy diệt thành phố Zion, khiến bản thân máy móc không còn bất cứ nguồn năng lượng nào để hoạt động. Cuối cùng Deus Ex Machina đồng ý và cho Neo một hiệp ước hòa bình mà bấy lâu nay không ai có thể.
Deus Ex Machina nối Neo với Ma Trận, dẫn đến trận chiến cuối cùng giữa anh và phiên bản Smith mang thân xác The Oracle. Phiên bản Smith này quyết định chỉ chiến đấu một mình với Neo vì hắn đã thấy trước cái kết của cuộc chiến - hắn biết mình sẽ thắng. Họ đánh, đánh và đánh.. cho tới phân cảnh Neo nằm dưới hố. Smith buông lời 'Tại sao ngài Anderson, tại sao?'.. Hắn không thể hiểu được tại sao Neo vẫn tiếp tục chiến đấu. Máy móc không thể hiểu vì chúng không biết đến sự lựa chọn. May mắn thay, The Oracle cũng như Smith, không thể nhìn thấu một sự lựa chọn mà vượt qua những lý lẽ thông thường. Một Smith mang thân xác The Oracle không thể hiểu tại sao Neo vẫn tiếp tục chiến đấu.

Và rồi hắn nói câu định mệnh ấy...'Mọi thứ có khởi đầu đều có kết thúc, Neo'.. Xin hãy nhớ Smith chưa bao giờ gọi Neo bằng danh xưng nào khác ngoài 'Ngài Anderson', chưa bao giờ. Và hắn tiếp tục nhắc lại chính câu nói mà The Oracle đã nói với Neo chỉ vài giờ trước đó. Neo nhận ra.. anh hiểu được The Oracle đang nói chuyện qua bản thể Smith, anh hiểu được cách duy nhất để đánh bại Smith là cho hắn chiếm lấy thân xác mình và khiến phương trình mất cân bằng. Smith và Neo là hai kẻ đối lập tạo nên sự cân bằng cho phương trình, nhưng The Oracle sẽ khiến nó mất cân bằng thêm một lần nữa.
Neo thực hiện điều không thể, đó là cho phương trình mất cân bằng và để máy móc chiếm quyền điều khiển Smith qua chính thân xác của chính mình. Smith với thân thể Neo bị xóa sổ dưới tay máy móc, khiến tất cả những phiên bản Smith khác cũng gặp chung một cái kết. Sự hủy diệt của Smith bỏ lại trên đường phố những chương trình mà hắn từng chiếm hữu, chỉ có điều nay họ đã được 'tự do'. Smith bị đánh bai và Ma Trận tái lập lại chu trình thứ 7.. nhưng lần này là với sự sống sót của 'thánh địa' Zion.

Thân thể Neo sáng ngời, hẳn không phải là một dấu hiệu tốt với những con người bằng da bằng thịt, mang ý nghĩa rằng anh đã chết. Nhưng tâm trí, ý thức và ký ức của anh.. chúng đều có thể tải về từ hệ thống của Ma Trận nhằm tái sinh thêm một lần nữa nếu cần thiết.
Bộ phim kết thúc với việc The Architect phải thừa nhận rằng bất cứ tâm trí nào từ chối kết nối với Ma Trận đều có thể tự do. Zion được cứu và sẽ phát triển mạnh mẽ với những con người không còn bị cầm tù. Hiện tại, chiến tranh đã kết thúc. Ma Trận được tái lập và những thương tổn mà Smith gây ra đã không còn. Sati, một đứa trẻ sinh ra trong Ma Trận, đã tặng Neo ánh bình minh đẹp đẽ, tự do biến chuyển Ma Trận theo bất cứ cách nào em muốn.