Vụ nổ này cũng tạo ra một Portal storm khởi nguồn từ phế tích của Citadel, và Alyx cho rằng họ cần phải liên lạc được với căn cứ quân kháng chiến ở Rừng Trắng để giao gói dữ liệu mà cô thu thập được từ máy tính của
Episode 1 khởi đầu khi Gordon mở mắt bên ngoài Citadel, bị chôn vùi bên dưới đống đổ nát. Anh được Chó cứu và gặp lại Alyx trong sự bất ngờ của tiến sĩ Eli Vance, bởi ông từng nói với con gái mình rằng sẽ không ai có
Cốt truyện Half-Life 2 kể về 20 năm sau ngày Trái đất đầu hàng lực lượng Combine, gã G-Man bí ẩn đánh thức Gordon Freeman. Hắn ta ném Gordon lên một đoàn tàu hỏa hướng đến City 17, một thành phố nằm dưới sự kiểm soát
Không ai biết cụ thể lãnh thổ của Combine rộng lớn đến nhường nào, gồm bao nhiêu vũ trụ. Không ai biết lãnh đạo của chúng là ai, và hình dạng của chúng ta sao.
